Apparu pour la première fois dans les actes publics sous le nom de Curtemaltrut en 1146, ce petit hameau à flanc de coteau a su garder son image d'autrefois.

Aujourd'hui, Courtemautruy est tourné résolument vers l'avenir et dispose de plusieurs parcelles à bâtir découlant de l'acceptation, notamment d'un plan spécial, régissant la construction de maisons familiales.

Quelques lieux-dits du hameau témoignent de l'activité du passé. Ainsi "Le Martinet", où se dressait à proximité d'un étang du même nom un ancien restaurant incendié en 1957, vient du nom d'un lourd marteau mu par un moulin à eau. Tout comme Courgenay, le centre du hameau est appelé "Le Coinat (en patois:petit coin)". C'est sans doute là que les premières bâtisses furent construites.

Ainsi, "La Route des Romains" et la "Rue de Courtary" rappellent respectivement, l'implantation romaine sur nos terres et la disparition d'un ancien village. En effet, situé sur un éperon rocheux du Mont-Terri, on trouve les vestiges d'un ancien camp romain appelé "Camp de Jules César". D'autre part, d'après l'historien Quiquerez, Courtary devait se localiser dans les environs de la colline de Châtillon. Cette localité n'est mentionnée que dans un acte de 1333 et dans un autre de 1386 où figure parmi les villages de la châtellerie d'Ajoie vendus par Imier de Ramstein à Etienne, comte de Montbéliard.

Enfin "Le Pichoux" ou anciennement "Le Pissoux" est un coin de forêt avec une carrière et chute d'eau. Ce but de promenade ombragé, fort apprécié durant les chaleurs de l'été est désigné aussi sous la forme de "Lai Ratche que piche", étymologie dont on devine aisément le sens.