Notre pays, déjà habité bien avant l'ère chrétienne par les Helvètes et les Séquanes, dépendait de la Séquanie. Ses habitants formaient une peuplade indépendante, et la forme de leur gouvernement était républicaine. Les Druides, caste puissante, étaient au-dessus de tous les magistrats, et exerçaient leur influence prépondérante en tout et partout. Ils enseignaient un peu de tout, mais principalement la croyance en un Dieu éternel et suprême, ainsi que l'immortalité de l'âme. Petit à petit, l'idée d'un Dieu unique se corrompit et les peuplades imaginèrent à sa place un grand nombre de divinités symboliques, ainsi que des génies peuplant les grottes, les rivières et les mystérieuses forêts de la contrée. De là naquirent toutes les superstitions que le christianisme n'arriva pas à faire disparaître et dont plusieurs subsistent encore. Nous avons, à l'heure actuelle, des coutumes et des traditions qui nous viennent directement de ce passé lointain. Notons, en passant, les Brandons ainsi que les chants du Bon An. Le culte druitique se célébrait la nuit, à la lueur des torches, dans les forêts profondes. Des pierres servaient d'autels, et parfois des victimes humaines étaient immolées afin que leur sang apaise le ciel en courroux.

Un de ces autels, dont personne ne peut contester la haute antiquité et le caractère religieux, existe à Courgenay. C'est le dolmen de la Pierre-Percée. Il est de beaucoup le plus important de tous les souvenirs druitiques de la région, et il a donné naissance à une infinité de légendes.

L'ouverture qui en traverse le centre est resté un objet de quasi-superstition. Durant plusieurs siècles, on passait par ce trou pour se guérir de la colique. Des générations entières y ont passé si bien que les parois intérieures du pertuis se sont polies. Il est possible que ce passage à travers l'étroite ouverture produise sur la région abdominale des effets qui ne sont dûs qu'à cette étrange gymnastique. Autrefois, on croyait donner au vinaigre et à l'eau-de-vie, une vertu bienfaisante en les faisant passer par ce trou. Un émigré de Porrentruy, en 1793, rencontra en Allemagne, chez un aubergiste qui le traitait, une bouteille bouchée avec soin et portant ces mots: Vinaigre ayant passé par le trou de la Pierre-Percée de Courgenay.

Au moyen-âge, la mairie d'Alle tenait ses plaids à la Pierre-Percée, à l'ombre d'un tilleul. C'est là aussi que se tenait le tribunal populaire qui y rendait ses arrêts. Un carcan, destiné à retenir le peuple, était fixé à un chêne voisin. Aussi le tilleul de la Pierre-Percée, est resté célèbre dans les fastes de l'histoire de la Basse-Ajoie.