La zone industrielle régionale:
Entièrement située sur le territoire de la commune, la zone industrielle régionale de Courgenay (ZIR), d'une superficie de 18 hectares, a été inaugurée en 1983. Sa position favorable à proximité de l'A16, son accès direct au réseau ferroviaire constituent des atouts de première force dans le concept du développement économique de l'Ajoie et du Clos-du-Doubs.
La zone intercommunale de Courgenay est issue de la création en 1980 d'une société d'équipement, la SEDRAC ( Société d'équipement régionale d'Ajoie et du Clos-du-Doubs), comprenant, en qualité de membres, l'Etat jurassien et les communes ajoulotes.
Dotée d'un tel environnement industriel aujourd'hui spécialisé dans les techniques de précision, la mécanique, la commune de Courgenay entend avec le district tout entier, assurer le développement économique de la région.
Aujourd'hui, la zone industrielle dispose encore de deux terrains d'une superficie totale de 1,1 hectares susceptibles d'accueillir les entreprises intéressées.

La zone artisanale communale:
Courgenay dispose d'une zone artisanale complètement équipée de nature à accueillir des entreprises dans les domaines d'activités variés.
Cette zone est implantée à l'est de la localité, sur une surface de six hectares. Idéalement située à l'entrée de Courgenay, avec accès direct depuis la route principale, elle se trouve à 200 mètres de l'échangeur de l'A16.
L'industrie locale:
Courgenay est depuis fort longtemps un village de petits artisans et d'ouvriers. Cette tradition s'inscrit jusque dans le nom des rues, Ainsi, la rue de la "Fonderie" rappelle ce genre d'activités abandonnées au fil du temps.
Aujourd'hui, Courgenay comprend de nombreux ateliers et petites entreprises. A l'instar de l'arc jurassien, les principales activités se concentrent dans les domaines de l'horlogerie, du décolletage, découpage et de la mécanique. Il ne faut pas non plus passer sous silence le génie civil ainsi que la construction, secteurs d'activités également bien présents dans la localité.

Agriculture:
Conséquence d'une mécanisation toujours plus performante, le nombre de personnes travaillant dans le secteur primaire est en constante régression. Néanmoins, on compte encore à Courgenay-Courtemautruy une trentaine d'exploitations agricoles.
Avec 960 hectares de terres cultivables et de pâturages, Courgenay se situe au 6ème rang des villages du canton. Cultures céréalières, betteraves fourragères, pomme de terre et lait sont les principales productions de la région. A noter également à ce sujet la présence au village d'une fromagerie nouvellement implantée à la zone industrielle.
Le remaniement parcellaire, entré en force en 1994, a également contribué à améliorer les conditions d'exploitation des terres. En effet, ce ne sont pas moins de 30km de chemins vicinaux bêtonnés ou graveleux qui ont été réalisés durant le remembrement. Le nombre des parcelles a pu ainsi être réduit de 2800 à 1600 unités.